ทุกคนบนโลกใช้แอพบนสมาร์ทโฟนกัน แต่หารู้ไม่ว่ามีสิ่งมีชีวิตลึกลับที่เรียกว่า Appli Monster หรือ Appmon สิ่งมีชีวิตปัญญาประดิษฐ์ที่อยู่ระหว่างโลกมนุษย์และมิติดิจิมอน Leviathan บอสใหญ่ของพวกปัญญาประดิษฐ์ควบคุมพวก Appmon ด้วยไวรัสและแฮ็คระบบ หมายที่จะครองโลกมนุษย์ ด้าน ชินไค ฮารุ ได้รับ Appli Drive และ Gatchmon และเข้าต่อสู้กับพวกเหล่าร้าย